• 友善經費報支專區 (行政院主計總處修訂)
• 主計室工作手冊 (114.11修訂)
• 政府支出憑證處理要點 (行政院主計總處110.01修訂)
• 國內出差旅費報支要點 (行政院主計總處113.05修訂，114.01生效)
• 國內出差旅費報支要點暨各機關派員參加國內各項訓練或講習費用補助要點解釋彙編點 (行政院主計總處115.03彙編)
• 各機關派員參加國內各項訓練或講習費用補助要點 (行政院主計總處111.04修訂)
• 教育部及所屬機關(構)辦理各類會議講習訓練與研討(習)會管理要點 (教育部113.08修訂)
• 國外出差旅費報支要點 (行政院主計總處114.05修訂，115.01生效)
• 中央政府各機關派赴國外各地區出差人員生活費日支數額表 (行政院主計總處114.10修訂，115.01生效)
• 中央政府各機關派赴大陸地區、香港及澳門出差人員生活費日支數額表 (行政院主計總處114.10修訂，115.01生效)
• 中央各機關(含事業機構)派赴國外進修、研究、實習人員補助項目及數額表 (行政院主計總處111.11修訂，112.01實施)
• 各機關取得電子發票證明聯辦理經費報支時應多加注意，避免重複報支(行政院主計總處114.05通知)
• 中央政府各機關學校出席費及稿費支給要點 (行政院主計總處111.12修訂)
• 軍公教人員兼職費支給表 (行政院人事行政總處107.08修訂)
• 各機關加班費支給辦法(行政院人事行政總處111.04修訂)
• 經費報支應行注意事項 (主計室114.09)
• 國立大學校院附設醫院會計制度一致規定 (教育部107.07.12修訂)
• 國立大學校院附設醫院會計制度之一致規定附錄7、交易事項分錄釋例 (教育部112.09修訂)

主計室設置主任一人、組長一人、組員一人、約用課員一人、約用辦事員七人。

1. 預算業務：
   • 【編製本院作業基金附屬單位預算】
     預算乃為本院推行院務，達成年度營運計畫目標所預計之財務計畫，亦為綜合院務業務計畫之具體數據表徵。其籌編程序分別說明如下：
     1. 預算案籌編：每年十一月至十二月間，開始籌編下下年度預算。本室於籌編年度預算前，通知全院各科（室）提列新年度業務計畫需求經費，經本室彙總年度預度計畫收支估計數，提報院長並邀集有關單位會商議定後辦理。 
     2. 概算編製：每年二月至三月間編製下一年度概算。依據院長暨有關單位議定後之年度收支估計數，並參照行政院主計總處頒訂之年度預算編製辦法編製本院作業基金附屬單位既算。 
     3. 概算送主管機關審查：每年四月至五月間，將下一年度概算提報上級主管機關審查。年度概算經主管機關審查委員會審核，擬具加註意見後，陳報行政院核定
     4. 預算案編製：本院依據行政院核定情形，編擬下一年度本院作業基金附屬單位預算，並按規定時間及份數，陳報主管機關核轉行政院，由行政院依規定時間提出立法院審議。經立法院三讀程序議決後，由總統公布之。 
   • 【預算執行控制】
     依預算法、會計法、中央政府各機關單位預算暨附屬單位預算執行要點等規定，辦理預算執行控制作業。 
2. 會計業務：
   • 追蹤及控管預算執行
     　　依據行政院主計總處頒佈之中央政府附屬單位預執行要點辦理。每月結帳、比較、分析各項費用計畫預算執行情形及未達預訂目標或超出預算目標之異常原因，藉以改善預算執行效益。 
   • 辦理本院作業基金財務會計
     　　 依據上級頒行之會計法，執行會計事務，按規定編製日報、月報、半年報、年報等財務報表。 
   • 依法執行本院內部審核工作事項
     　　 內部審核分事前審核、事後審核二種：
     1. 事前審核：事項入帳前之審核，著重收支之控制。
     2. 事後審核：事項入帳後之審核，著重憑証、帳表之複核與工作績效之查核。