1999年精省作業開始，宜蘭醫院改制更名為衛生署立宜蘭醫院。

　　醫療資源上，宜蘭醫院不斷向外尋求支援合作，1987年起開始與台北榮民總醫院合作進行區域醫療網醫護作業活動。1995年健保開辦後，宜蘭醫院也成為全民健保特約地區醫院。1998年起與羅東博愛醫院進行醫療合作，支援門急診業務並將呼吸照護病房委由博愛醫院經營。2001年，由於與私人醫院進行醫療合作未見起色，加上長期與台北榮民總醫院的合作關係，衛生署決定將宜蘭醫院以「公辦公營」的方式委託台北榮民總醫院經營，榮總醫療團隊於2001年1月19日進駐宜蘭醫院，並於2001年10月10日簽約，正式委託台北榮民總院經營。

　　至於宜蘭醫院的定位及策略，為了溪北民眾的實際需要同時與其它醫院作區隔，2001年唐高駿院長就任以後，以其急救加護的專長，將宜蘭醫院定位為急重症專科醫院，全力發展急重症照護及次專科醫療，並以提供醫學中心的服務品質為願景，要讓宜蘭鄉親不必再出外就醫，能在宜蘭醫院接受高品質的醫療服務。2002年宜蘭醫院通過醫療評鑑，升級為地區教學醫院。2003年全新的體檢中心開幕，將醫療服務項目擴大至健康檢查。2002年下半年因營量不斷增加，病床已出現供不應求的現象，故於2003年提出擴床申請，由原先的200床一舉擴充至351床。2003下半年，震波碎石機正式啟用，心導管室、小兒加護病房及其它先進醫療儀器與特殊病床亦將陸續成立，以滿足溪北民眾的需求。

　　2003年春季SARS疫情擴大至宜蘭地區，宜蘭醫院急時發現縣內第一例、全國第三例SARS病患，並立刻入住負壓病房隔離，防止疫情在蘭陽平原擴散。宜蘭醫院除了收治病患外，並緊急改建八病房，增設標準負壓隔離病床十三床，不但治療縣內的SARS病患，並接受由台大醫院轉診至本院治療的SARS患者。總計在SARS疫情蔓延期間，宜蘭醫院共收治14例SARS病患，佔宜蘭全縣半數以上，並全數治癒出院。