本院原為署立宜蘭醫院，並在民國97年委託台北榮總託管時期升格為國立陽明大學附設醫院，且於民國97年10月01日正式成立秘書室。

秘書室是院長室的幕僚單位，更是全院行政的總樞紐，因業務擴增之需要，秘書室於民國105年1月1日正式分為三組辦事，設【績效組】、【專案管理組】及【行政組】

•  【績效組】
  負責策略發展、經營規劃及管理、策略地圖、關鍵績效指標推動、成本績效之分析與執行、管考與稽核制度之建立與執行、其他相關事項。
  
  
• 【專案管理組】
  負責持續協助院方推動院層級之重要專案與時程控管。
  
  
• 【行政組】
  負責院內重要會議之會務工作、持續協助院方推動院層級之重要專案與時程控管，以及國會聯絡事宜，並負責院長室及副院長室行政業務、公文處理及其他相關事項。